In functie de caz, tratamentul medicamentos se poate lua in discutie in scopul ameliorarii simptomatologiei dureroase sau pentru scaderea riscului de recidiva dupa tratamentul chirurgical.
In cazul endometriozei localizate la nivelul aparatului genital, daca forma este una usoara si daca pacienta isi doreste sa ramana insarcinata, se poate opri temporar evolutia cu ajutorul tratamentelor progesteronice.